Le Congrès national est l’organe suprême des GBUCI. Il se réunit tous les trois ans en session ordinaire sur convocation du Conseil d’Administration. Toutefois, un Congrès extraordinaire peut être convoqué à l’initiative du Secrétaire Général ou du Conseil d’Administration, pour se prononcer sur un problème capital de la vie du Mouvement. Dans ce cas, les deux organes se chargent de sa préparation dans les mêmes formes que le Congrès ordinaire.

Le Conseil d’Administration est le garant de la vision du Mouvement. (1)Il est une cellule de prière et de partage. (2) Il assure un encadrement spirituel et moral au Secrétaire Général et au personnel du Mouvement. (3) Il examine et approuve les programmes d’activités du Secrétaire Général. (4) Il examine, adopte et ordonnance le budget proposé par le Secrétaire Général. (5) Il approuve le recrutement ou la rupture des contrats tout employé devant servir à plein temps aux GBUCI. (6) Il supervise la désignation du Secrétaire Général conformément aux textes réglementaires. (7) Il propose au vote du Congrès la confirmation du candidat au poste de Secrétaire Général. (8) Il peut mettre sur pied, en cas de besoin, une commission d’experts chargée de faire une évaluation des missions du Mouvement et lui faire des suggestions en vue de leur amélioration. (9) Il peut convoquer des concertations nationales des responsables en cas de besoin.

Le Secrétariat Général est l’organe exécutif et de permanence entre deux Congrès nationaux. Il fonctionne sous la direction d’un Secrétaire Général assisté d’un responsable administratif et financier, des secrétaires locaux, des responsables de départements et autres services. Les différents départements et autres services éventuels créés au Secrétariat Général sont régis par le Statut du personnel et le Manuel de procédures adoptés par le Conseil d’Administration.

La cellule est la structure de base des GBUCI. Elle est le lieu d’identification et d’ancrage des membres.L’activité principale d’une cellule est l’étude biblique. Les cellules se créent à l’initiative des bureaux locaux, des bureaux nationaux ou du Secrétariat général. Pour être créée, une cellule doit justifier de l’existence d’un noyau d’au moins deux membres. Les cellules sont gérées par un noyau de responsables (bureau) comportant deux à six membres au plus selon la taille de la cellule

Chaque section dispose d’un bureau local au niveau d’une ville ou d’une zone. Le mandat de chaque membre de ce bureau est d’un an renouvelable deux fois. En cas de vacance d’un poste, sous la supervision du bureau national, le bureau local concerné se réorganise automatiquement en interne ou trouve une personne ressource pour pourvoir au poste manquant et en informe l’ensemble des membres via les canaux de communication du Mouvement.

Le Comité Local de Coordination (CLC) est composé des présidents, des secrétaires et des trésoriers des bureaux locaux des Étudiants et des Amis d’une localité. Il est mis en place au début de chaque année par le Secrétaire local ou le président du Bureau local des Amis, et ses réunions sont présidées par ce dernier. Celui-ci désigne un secrétaire de séance et assure l’exécution de toutes les décisions du Comité Local de Coordination (CLC).

Elles sont un lieu de formation, d’information et d’évaluation de la vie d’une section du Groupe d’une part, de communion et de concertation fraternelle d’autre part. Une Assemblée locale est la rencontre de tous les membres et sympathisants d’une section. Elle se réunit une fois par trimestre sur convocation du président du bureau local ; cette convocation doit comporter obligatoirement l’ordre du jour de la session

Il s'agit des sections estudiantine et du Groupe des Amis. La section estudiantine des GBUCI est dotée de deux (2) organes de relais: le Conseil National des Étudiants et le Bureau National des Étudiants. Le Groupe des Amis du GBU est doté de deux (2) organes au niveau national : le Conseil National des Amis et le Bureau National des Amis .